Koolitus on üks Jaan Tõnissoni Instituudi põhikirjajärgsetest ülesannetest, mis on seni toimunud põhiliselt kahes suunas.

Esiteks. Kodanikuhariduse keskuse poolt viimaste aastate vältel üldhariduskoolide kodaniku- ning ühiskonnaõpetuse õpetajatele korraldatud kursused, seminarid ja õppepäevad. See tegevus on aidanud kaasa vastavate õppeainete väljakujundamisele riiklikus õppekavas ning leidnud ka rahvusvahelist tunnustust - 1999. aastast töötab instituudi juures UNESCO kodanikuhariduse õppetool.

Teiseks. Eesti vajadustest tulenenud, demokraatliku ühiskonna rajamist toetav koolitus, mis toimus osana mitmesugustest, erinevate sihtide ja sihtgruppidega projektidest.

Oma peamiseks erinevuseks võrreldes teiste täienduskoolituse pakkujatega peame püüdu suurema praktilisuse poole - keskendumist säärasele koolitusele, mille tulemit saaks eriti õpetaja oma töös riikliku õppekava elluviimisel koheselt kasutada.

Olulisimaks sihtgrupiks peame nii eesti kui vene õppekeelega koolide pedagooge. Jaan Tõnissoni Instituudi üldistest tegevussuundadest tingituna keskendub koolituskeskus õpetajakoolituses eelkõige ajaloole ja ühiskonnaõpetusele ning emakeelele. Vastavalt võimalustele organiseeritakse erinevaid kursuseid ka teiste ainete õpetajatele.
Lisaks otsesele koolitustegevusele seame oma eesmärkideks ka õppe- ja metoodiliste materjalide väljatöötamist ja kirjastamist.